Previo a la acción de reparación ambiental interpuesta, se sigue una investigación penal en contra de Nova Austral S.A. y sus representantes legales, la cual se origina en la querella interpuesta por el CDE, con fecha 24 de abril de 2020, contra de los representantes y gerentes de Nova Austral. Posteriormente, con fecha 1 de junio de 2020 se presentó una ampliación, que incluyó tanto a las personas naturales querelladas anteriormente como respecto de Nova Austral.
La acción penal del CDE sostiene que, entre 2015 y 2019, Nova Austral adulteró la información sectorial, en particular de los índices de mortalidad y capacidad de producción de sus CES a través de un doble sistema de contabilidad. A consecuencia de ello, en esta arista se investigan el delito de fraude de subvenciones a consecuencia de percibir de forma ilícita los beneficios que reporta la Ley Navarino, además del delito de daño a recursos hidrobiológicos basado en el vertimiento de contaminantes al medio acuático. Esta causa fue formalizada por el Ministerio Público durante los meses de marzo y abril de 2022 y se encuentra actualmente en fase de investigación.
